Góry Stołowe są fragmentem rozległego płaskowyżu, który od wschodu graniczy z Kotliną Kłodzką, a dalej ku północnemu-zachodowi, góry te ciągną się przez teren Czech, aż po Kotlinę Kamiennej Góry. Po stronie polskiej mają one długość 18 km i szerokość około 5 km. W 1993 na terenie Gór Stołowych utworzono Park Narodowy Gór Stołowych, zajmujący 63 km². To właśnie do niego należą: Szczeliniec Wielki, Błędne Skały i Wielkie Torfowisko Batorowske. Po stronie czeskiej ochroną objęta jest powierzchnia 410 km².
Góry Stołowe posiadają wyraźnie spłaszczone wierzchołki i strome stoki. Pod względem budowy geologicznej są to jedyne w Polsce góry płytowe. Ich krajobraz tworzą rozległe, płaskie powierzchnie zrównań, ułożone piętrowo i separowane wzgórza w kształcie stoliw. Ich obecny kształt jest wynikiem ruchów tektonicznych i erozji klimatycznej.
Początków powstania gór należy szukać około 140 mln lat temu, w okresie górnej kredy. Wówczas na obszarze Sudetów Środkowych znajdował się rozległy zbiornik wodny zwany przez geologów Czeskim Basenem Kredowym. Ponad nim wznosiły się starsze masywy górskie (Śnieżka, Góry Sowie, Bardzkie i Karkonosze). Rzeki spływające z tych gór nanosiły do górnokredowego morza różnorodne materiały skalne takie jak: piaski czy żwiry. Pod wpływem działania sił zewnętrznych dno tego zbiornika raz podnosiło się, a raz opadało. W miarę upływu czasu piaski i żwiry zaczęły zmieniać się w piaskowce i margle, skały zbudowane z ziaren kwarcu, które scementowane są spoiwem wapiennym, ilastym lub krzemionkowym. Na początku okresu trzeciorzędowego (około 70 mln lat temu), pod wpływem zmian klimatu, morze zaczęło ustępować, a z jego dna zaczął wyłaniać się scementowany osad. Silne spękania skał są efektem procesu niszczenia, który polegał przede wszystkim na wcinaniu się potoków w płytę skalną, co doprowadziło do podziału skał na grzbiety i separowane wzgórza. Woda zawierająca roztwory chemiczne, rozpuszczające skały, mróz oraz korzenie roślin sprawiły, że obecnie możemy podziwiać przeróżne formy skalne przypominające grzyby czy maczugi, odkrywać skalne miasta i ciekawe labirynty.
Góry tworzą kompleksy skalne (piaskowce ciosowe dolne, piaskowce glaukonitowe, margle ilasto-piaszczyste, margle ilaste, piaskowce ciosowe górne). W części północnej spotkać można także czerwone piaskowce, mułowce i zlepieńce permskie, a w części południowej czerwony granit, łupki łyszczykowe, fyllity i marmury.
Góry Stołowe rozdzielane są Morzem Bałtyckim i Północnym. Odwadniane są przez trzy rzeki:
W Górach Stołowych występują również źródła wód mineralnych. Najbardziej znane uzdrowiska znajdują się w Polanicy-Zdroju, Kudowie-Zdroju i Dusznikach-Zdroju.
W Parku Narodowym Gór Stołowych 91% powierzchni stanowią lasy.
Łąki Gór Stołowych porastają między innymi, uważane za symbol ziemi kłodzkiej, Trollius europaeus (róża kłodzka). Ciekawe są również łąki ostrożeniowe Cirsietum rivularis występujące w Skałkach Łężyckich oraz łąki ostrożeniowo-rdestowe rosnące wokół Karłowa i Pasterki. Wiele gatunków roślin w Górach Stołowych znajduje się pod ochroną.
Najważniejsze zbiorowiska leśne to:
W Górach Stołowych można spotkać typowo leśne gatunki zwierząt, takie jak jeleń, sarna czy dzik. Inne zwierzęta to między innymi: borsuk, popielica, orzesznica. Wśród ptaków można spotkać: sikorę sosnówkę, mysikrólika, pliszkę górską, rudzika, jarząbka, słonkę, bociana czarnego, trzmielojada, kobuza...
Pozostałe gatunki zwierząt to: ślimak karpacki, salamandra plamista, żmija zygzakowata, muflon, pajęczaki.