Większa część Gór Stołowych jest objęta jednym z 23 parków narodowych na terenie Polski- Parkiem Narodowym Gór Stołowych. Utworzony on został w 1993 roku i obejmuje obszar około 63 km² z najwyższymi wzniesieniami- Szczelińcem Wielkim (919 metrów n.p.m.) i Skalniakiem (915 metrów n.p.m.). W granicach Parku znajduje się też południowo-zachodnia część Gór Stołowych, zbudowana ze skał magmowych.
Kudowa-Zdrój, Polanica-Zdrój, Duszniki-Zdrój oraz Karłów to proponowane miejsca, z których można ruszać na szlaki górskie i zwiedzać pozostale miejsca.